| táblázatok - BIOinformatika - kezdőlap |
|
7. táblázat: Génkereső és protein szekvencia elemző programok honlapjai |
|
frissítve: 2003. 10.16.
|
|
| minden cím első része : http:// | |
| génkeresés | |
| címgyűjtemény más honlapon | www.cs.jhu.edu/~salzberg/appendixa.html |
| ORF finder
|
www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html |
| GenMark / GenMark HMM i-info, linkek | opal.biology.gatech.edu/GeneMark/ |
| eukarióta szekvenciákra | opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgi |
| prokariota (+ Mycoplasma, low euk.) | opal.biology.gatech.edu/GeneMark/gmhmm2_prok.cgi |
| Veil (euk., vertebrata, letölthető) | www.cs.jhu.edu/labs/compbio/veil.html |
| HMMgene | www.cbs.dtu.dk/services/HMMgene/ |
| Genefinder
(human, Arabidopsis, mause, pombe) |
argon.cshl.org/genefinder/ |
| Grail
(human, Arabidopsis, Drosophila , E. coli ) |
compbio.ornl.gov/Grail-1.3/ |
| Mire jó egy német HUSAR? |
genome.dkfz-heidelberg.de/menu/biounit/links.shtml#genepred |
| Codon Usage Database
- kodonhasználati adatok |
www.kazusa.or.jp/codon/ |
| proteinelemzés | |
| PROSITE | www.expasy.org/prosite/ |
| pattern scan | www.expasy.ch/tools/scnpsit1.html |
| profile scan | www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html |
| Pfam | www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ |
| BLOCKS | blocks.fhcrc.org/blocks/ |
| PRINTS | www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ |
| SMART | smart.embl-heidelberg.de/ |
| SBASE | sbase.abc.hu |
| transzmembrán domén predikció | |
| TMHMM | www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ |
| TopPred 2 | www.sbc.su.se/%7Eerikw/toppred2/ |
| DAS | www.sbc.su.se/~miklos/DAS/maindas.html |
| SignalP | www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ |
| sejten belüli
lokalizáció |
|
| TargetP | www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ |
| Példa szekvenciák: |
|
| X51799 , X82824 |
|
| X93358
, CAA63734
, |
|
| AJ245666
, CAB62151.1 |
|
| AJ249130 , CAB54070.1 | |
| phoA fus TnphoA |
