Watson és Crick eredeti cikke (1953),

Maclyn MacCarty, Avery munkatársának visszaemlékezése,

Controlling the double helix Gary Felsenfeld és Mark Groudine Összefoglaló a kromatin szerkezetéről,

The digital code of DNA Leroy Hood és David Galas Összefoglaló

A genom projektek közül számunkra természetesen nagy jelentőségű és egészségügyi szempontból felbecsülhetetlen jovőbeni előnyökkel jár a Human Genom Project. A teljes humán genom bázissorrendjét nagyjából 2001-re határozták meg. Ez mintegy 3 gigabázisnyi ( 3 Gb = 3x 10 ⁹ bp) betüt és körülbelül 30 ezer gént jelent (lásd később).

A National Center for Biotechnology Information ( NCBI ) honlapján rengeteg információ található erről a témáról

a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/

és a
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Tour/

címek alatt.

A humán genom szekvenálása A humán genom szekvenciájának első változata az International Human Genome Sequencing Consortium (IHGSC) és a Celera biotechnológiai társaság munkájának eredményeként került nyilvánosságra, 2001-ben. A munka során különböző megközelítéseket alkalmaztak, de mindkét esetben a random, ún. shotgun klónozás módszerét használták. E módszernél a szekvenálni kívánt genomot kisebb méretű, átfedő fragmentekre tördelik fel, majd ezeket klónozzák. A klónok által hordozott DNS szakaszok mindkét végén körülbelül 500 bázispár (bp) hoszúságban meghatározzák a  szekvenciát. A genom minden egyes részletét hatszor-tízszer "olvassák el", hogy a meghatározás pontosságát növeljék. A DNS szekvencia meghatározásnál a bázissorrendet számítógép regisztrálja és illeszti be az addig kész szekvenciába. Az IHGSC által használt módszer szerint a humán DNS-t 200,000 bp hosszúságú fragmentekre hasították és a 24 kromoszómát lefedő fizikai térképet készítettek. Az így rendezett DNS fragmenteket azután egyenként shotgun módszerrel klónozták és szekvenálták. Ezzel szemben a Celera kutatói az egész genomot random fragmentekre vágták, háromféle méretben (2,000, 10,000 és 200,000 bp) és a fragmentek végeinek szekvenciáját határozták meg. Ezek után csak számítógép segítségével állították össze a teljes szekvenciát, mert fizikaitérkép nem segítette a munkát.

Nature 409: 6822 (2001) A Celera 1998-ban jelentette be, hogy három éven belül meg kívánja határozni a teljes humán genom szekvenciáját, amit akkor meglehetős szkepticizmussal fogadtak. Végül is mindkét kutatócsoport erőfeszítéseit siker koronázta és a munka meghatározó részét előbb fejezték be, mint bárki remélte volna. A két szekvencia, a kisebb eltérésektől eltekintve, az általános következtetéseket, a gének számát, az ismétlődő szekvenciákat és a kromoszómák szerveződését illetően nagyon hasonló. A génjeink száma a szekvencia alapján 30 - 35 ezerre becsülhető, ami sokkal kisebb szám a korábban feltételezett 100 ezernél. Az alábbi PDF fájlokban részletesebb információ található  angolul a szekvenálás eredményeiről és a humán örökletes betegségekről. A Nature folyóirat fenti címlapjára kattintva elérhető és letölthető a lapban akkor megjelent többi cikk is. Initial sequencing and analysis of the human genome Human disease genes Human disease genes database

Genom szótár

Raw sequence / nyers szekvencia - egy adott klón segítségével egyetlen szekvencia meghatározás eredménye (nagyjából 500 bázis hosszú).

Paired-end sequence / párosított végszekvenciák - egy klón két végének szekvencia meghatározásából származó nyers szekvencia pár, mely nem csak két részszekvenciát jelent. Általuk meghatározható, hogy a klónban lévő DNS szakasz a szekvenciában mekkora helyet foglal el, illetve a szekvencia meghatározás folymatában fontos információt ad arról, hogy mely klón alkalmas egy még ismeretlen ("át nem szekvenált") régió szekvenciájának a meghatározására. A párosított végszekvencia tartozhat bármilyen vektor inszertjéhez, legyen az plazmid, fág vagy akár BAC (bacterial artificial chromosome) vektor.

Finished sequence / kész szekvencia - bármely, több nyers szekvencia eredőjeként összeállított szekvencia, mely legalább 99.99% pontossággal a klón, kromoszóma vagy akár teljes genom valós szekvenciájának felel meg.

Coverage (or depth) / lefedettség - Egy adott szekvencia részletre vagy akár egyetlen bázisra megadja, hogy hány nyers szekvencia segítségével alakult ki a végső eredmény. Általában egy régió szekvenciája 6-10 független szekvenálás eredményéből már biztonságosan meghatározható.

BAC clone / BAC klón - A BAC (Bacterial artificial chromosome) olyan F-plazmid eredetű vektor, mely tipikusan egy 100–200 kb nagyságú DNS szakaszt (inszertet) képes hordozni.

Finished clone / befejezett klón - az a klón, mely szekvenciája teljes egészében megtalálható a már elkészült szekvenciában.

Contig / kontig - egy egybefüggő DNS szekvencia, mely összeállítható a nyers szekvenciák segítségével. Ez lehet néhány ezer bázispár, de akár egy egész kromoszóma is. Nem feltétlenül jelent kész szekvenciát!

STS - Sequence tagged site - egy rövid egyedi genomikus szekvencia (általában 500 bp)

EST - Expressed sequence tag - egy cDNS klón segítségével meghatározott részszekvencia (nyers szekvencia, mely egyszeri szekvenálási reakció eredménye). Egy adott mRNS jelenlétéről, egy gén működéséről, egy fehérjekódoló DNS szakaszról ad információt.

SSR - Simple sequence repeat - ismétlődő szekvencia, mely rövid, néhány bázispárnyi alapegységekből épül fel (például : (CA)₁₅). Számos SSR szekvencia polimorfikus lehet, kisebb eltéréseket tartalmazhat, így géntérképezésnél felhasználható.

SNP - Single nucleotide polymorphism - egyedi nukleotid polimorfizmus, egyedi nukletid eltérés a szekvencia egy adott pontján, melyre több variáció is létezik egy adott populációban.

Genetic map / genetikai térkép - A genetikai térképen az egyes mutációk vagy polimorfizmusok egymáshoz viszonyított helyzetét a köztük lévő rekombinációs események gyakoriságának alapján határozzák meg. A genetikai térkép mértékegysége a centimorgan (cM), mely 1% rekombináns megjelenését tükrözi.

---